Os Ford Mustang Boss foram desenvolvidos com o maior secretismo possível, para que a General Motors não soubesse o que a sua rival estava a desenvolver. O nome veio quase que por acidente, pois o responsável do projecto, Larry Shinoda, quando lhe perguntavam o que estava a criar, ele respondia apenas the boss’s car, nascendo assim o Mustang Boss.
Enquanto o Mustang Boss 302, equipado com o motor V8 de 4,9L, serviu de homologação para o modelo competir no Trans-Am, o Mustang Boss 429 foi o especial de homologação para o NASCAR, vendido apenas entre 1969 e 1970, sendo considerado um dos mais raros modelos do Mustang, com um total de 1.359 unidades construídas, 859 produzidas em 1969 e 499 em 1970. No entanto, devido ao lançamento do Dodge Charger Daytona, o Mustang Boss 429 demonstrou não ser tão competitivo e a Ford optou por não o utilizar no NASCAR.
O motor V8 429 é derivado do 385, com cabeça em alumínio, câmaras de combustão semi-hemisféricas, cambota forjada, assim como as bielas. Este motor utiliza um circuito de refrigeração do bloco e da cabeça distintos, para assim eliminar os pontos quentes e com uma refrigeração mais directa, além da junta da colaça servir apenas para vedar os cilindros entre eles. Para a alimentação do carburante, o motor utiliza um carburador Holley 735 CFM de quadruplo corpo. A potência anunciada é de 380cv às 5.200rpm e 610Nm de binário às 3.400rpm, apesar que muitos motores originais foram testados na época e debitavam perto de 500cv em banco de potência.
